Ειδικά θέματα γενετικής

Τριανταφυλλίδης Αλέξανδρος, Δροσοπούλου Ελένη

Περιγραφή

 

 

 

 

 

 

Διδάσκονται οι σύγχρονες τεχνικές ανάλυσης των γονιδιωμάτων και του γενετικού πολυμορφισμού. Ειδικότερα, το περιεχόμενο του μαθήματος περιλαμβάνει διαλέξεις σχετικές με γενετικούς και φυσικούς χάρτες υψηλής ανάλυσης, τα προγράμματα ανάλυσης προκαρυωτικών και ευκαρυωτικών γονιδιωμάτων, τη Συγκριτική Γονιδιωματική και τη  Λειτουργική Γονιδιωματική, την Εξωπυρηνική Κληρονομικότητα, τα μεταθετά στοιχεία και τη Γενετική Πληθυσμών και τη Διαχείριση.

 

 

 

CC - Αναφορά - Παρόμοια Διανομή
Διδάσκοντες

Διδάσκοντες: Τριανταφυλλίδης Αλέξανδρος, Επίκουρος Καθηγητής, Δροσοπούλου Ελένη, Επίκουρη Καθηγήτρια

 

Ομάδα Ανάπτυξης Περιεχομένου: A. Τριανταφυλλίδης, Ε. Δροσοπούλου, Ν. Καραΐσκου, Σ. Μηνούδη

Περιεχόμενο μαθήματος

Σύγχρονες Τεχνικές Ανάλυσης των Γονιδιωμάτων και του Γενετικού Πολυμορφισμού. Γενετικοί και Φυσικοί Χάρτες υψηλής ανάλυσης. Προγράμματα ανάλυσης προκαρυωτικών και ευκαρυωτικών γονιδιωμάτων. Συγκριτική Γονιδιωματική. Εισαγωγή στη Λειτουργική Γονιδιωματική. Εξωπυρηνική Κληρονομικότητα. Μεταθετά στοιχεία. Γενετική Πληθυσμών και Διαχείριση.

Μαθησιακοί στόχοι

Κατάρτιση των φοιτητών σε μεθόδους και επιτεύγματα της γονιδιωματικής επιστήμης.

Προαπαιτούμενα

Για την καλύτερη κατανόηση του μαθήματος απαιτούνται βασικές γνώσεις γενετικής, μοριακής βιολογίας και γενετικής μηχανικής .

Βιβλιογραφία
  1. Russell, P. J., & Αφέντρα, Α. (2009). iGenetics: μια μεντελική προσέγγιση (1η εκδ.). Αθήνα: Ακαδημαϊκές Εκδόσεις.
  2. Watson J., Caudy A., Myers R., Witkoski J. (Ελληνική έκδοση) (2007). Ανασυνδυασμένο DNA. Ακαδημαϊκές Εκδόσεις Μπάσδρα και Σία. Αλεξανδρούπολη.

Επιπλέον συνιστώμενη βιβλιογραφία

  1. Lesk, A. M. (2007). Introduction to genomics. Oxford ; New York: Oxford University Press.
  2. Van Straalen, Nico M., and Dick Roelofs. An introduction to ecological genomics. Oxford University Press, 2012.
  3. Ballou, J. D., & Briscoe, D. A. (2010). Introduction to Conservation Genetics. Cambridge University Press Textbooks.
  4. Marx, V. (2013). Biology: The big challenges of big data. Nature, 498(7453), 255-260.
  5. Haussler, D., O'Brien, S. J., Ryder, O. A., Barker, F. K., Clamp, M., Crawford, A. J., ... & Moreira, M. A. (2009). Genome 10K: a proposal to obtain whole-genome sequence for 10 000 vertebrate species. Journal of Heredity, 100(6), 659-674.
  6. Thompson, J. F., & Milos, P. M. (2011). The properties and applications of single-molecule DNA sequencing. Genome Biol, 12(2), 217.

Online readings - Πηγές στο Διαδίκτυο

  1. http://www.genomeweb.com/ (ειδήσεις για γονιδιωματα)
  2. http://www.genome.gov/10005107 (όλες οι πληροφορίες για το πρόγραμμα ENCODE)
  3. https://www.23andme.com/ Υπηρεσίες γενετικών αναλύσεων
  4. http://www.genomesize.com/ Μεγεθος γονιδιωμάτων οργανισμών
  5. http://www.sequenom.com/ Εταιρεία Γενοτύπησης
  6. http://genome.ucsc.edu/ Περιλαμβάνει πληροφορίες για πλήθος γονιδιωμάτων και εμπεριστατωμένο τρόπο προβολής τους
  7. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/ Περιλαμβάνει εικόνες χρωμοσωμάτων, χάρτες και γονίδια με συνδέσεις για άλλες πληροφορίες στο NCBI

Ενότητες

Εισαγωγή στη γονιδιωματική
  1. Εισαγωγικά
  2. Ορολογία
  3. Οργανισμοί Μοντέλα
  4. H αύξηση των γονιδιωματικών δεδομένων
  5. Μια νέα εποχή για τη γονιδιωματική και τον άνθρωπο
  6. Παραδείγματα μεγάλων προγραμμάτων μελέτης γονιδιωμάτων

Λέξεις Κλειδιά: Γονιδίωμα, Βιοπληροφορική, Κόστος Αλληλούχισης, -ωμική, Οργανισμοί μοντέλα

Δομική γονιδιωματική
  1. Στόχοι Μελέτης
  2. DNA – Ο φορέας της γενετικής πληροφορίας
  3. Προβλήματα στην αλληλούχιση και μέθοδοι αντιμετώπισης τους
  4. Χρωμοσωμικοί, Γενετικοί, Φυσικοί χάρτες και Χάρτες αλληλουχίας (και Ασκήσεις)
  5. Νέα μηχανήματα αλληλούχισης
  6. Συναρμολόγηση και αποθήκευση δεδομένων
  7. To μέλλον των αναλύσεων
  8. Εύρεση γονιδίων στις αλληλουχίες γονιδιωμάτων

Λέξεις Κλειδιά: γονιδιωματικοί χάρτες, πολυμορφισμός και λάθη στην αλληλούχιση, ιεραρχημένη μέθοδος αλληλούχισης, ολική γονιδιωματική προσέγγιση, αλληλουχικές θέσεις σημαίες (STS), νέα μηχανήματα αλληλούχισης (next generation sequencing)

Γονιδιώματα οργανισμών
  1. Γονιδιώματα προκαρυωτικών οργανισμών
  2. Μεταγονιδιωματικά προγράμματα
  3. Γονιδιώματα ευκαρυτικών οργανισμών
  4. Συνολική Γονιδιωματική Ανάλυση της Βιοποικιλότητας

Λέξεις Κλειδιά: To δέντρο της ζωής, αρχαία, μεταγονιδιώματα, ζύμη, νηματοσκώληκας, δροσόφιλα, Arabidopsis, επίμυς, βιοπικοιλότητα

Το γονιδίωμα του ανθρώπου
  1. Το γονιδίωμα του ανθρώπου – ιστορία
  2. Εφαρμογές και Στόχοι
  3. Συμπεράσματα
  4. Οργάνωση γονιδίων
  5. Ενίσχυση γενετικής ποικιλότητας

Λέξεις Κλειδιά: Πρωτεϊνικά Γονίδια, Γονίδια RNA, οργάνωση γονιδίων, οικογένειες γονιδίων, πρόγραμμα ENCODE

Οι επιπτώσεις των μεγάλων προγραμμάτων εύρεσης της αλληλουχίας γονιδιωμάτων
  1. Συγκριτική Γονιδιωματική - Εισαγωγή
  2. Ταυτοποίηση λειτουργίας γονιδίων
  3. Μελέτη συνταινίας
  4. Γονιδιωματικοί διπλασιασμοί
  5. Το ελάχιστο γονιδίωμα
  6. Η προέλευση του ευκαρυωτικού γονιδιώματος
  7. Επαναλαμβανόμενες ακολουθίες
  8. Μεταθετά στοιχεία
  9. Οριζόντια μεταφορά γονιδίων
  10. Η αύξηση της πολυπλοκότητας του πρωτεώματος

Λέξεις Κλειδιά: Ορθόλογα, παράλογα, ονόλογα, ομόλογα γονίδια, συνταινία,Whole genome duplication (WGD), Mycoplasma laboratorium, Συνθετική Βιολογία, επαναλαμβανόμενο DNA, οριζόντια μεταφορά γονιδίων, πολυπλοκότητα πρωτεώματος

Μηχανήματα Λειτουργικής Γονιδιωματικής
  1. Λειτουργική Γονιδιωματική - Εισαγωγή
  2. Μηχανήματα αλληλούχισης πρώτης γενιάς
  3. Μηχανήματα αλληλούχισης δεύτερης γενιάς
  4. Μηχανήματα αλληλούχισης τρίτης γενιάς
  5. Σύγκριση Μηχανημάτων αλληλούχισης
  6. Συστοιχίες DNA
  7. Φασματογράφος μαζών

Λέξεις Κλειδιά: Γονιδιωματικές πλατφόρμες ανάλυσης, αυτόματοι αλληλουχητές, 454 Roche, Illumina, Pacific Biosciences, Ion Torrent, Αλληλούχιση μεμονωμένου μορίου, πολυπλοκότητα γονιδιώματος, κόστος αλληλούχισης, μικροσυστοιχίες DNA, ολιγοσυστοιχίες, διάγνωση ασθενειών, φασματογράφος μαζών

Εφαρμογές λειτουργικής γονιδιωματικής
  1. Ανάλυση RNA στη γονιδιωματική
  2. Ανάλυση πολυμορφισμού SNPs
  3. Άλλες εφαρμογές των μηχανημάτων NGS
  4. Η χρήση των πλατφόρμων υψηλής ανάλυσης στην πρωτεωμική

Λέξεις Κλειδιά: Σειριακή ανάλυση γονιδιακής έκφρασης, μαζική παράλληλη αλληλούχιση, ημι-ποσοτικές αναλύσεις, επιγενετικές αναλύσεις, βιοπαρακολούθηση, πρωτεωμική

Γενετική πληθυσμών και διαχείριση
  1. Εισαγωγικά
  2. Απώλεια βιοποικιλότητας
  3. Γενετική ποικιλότητα
  4. Η ταυτοποίηση της γενετικής ποικιλότητας
  5. Η σημασία της γενετικής ποικιλότητας για τη διαχείριση
  6. Απώλεια γενετικής ποικιλότητας
  7. Πληθυσμιακό μέγεθος και επιβίωση των ειδών
  8. Γενετική Ταυτοποίηση
  9. Εφαρμογές της Γενετικής στη διαχείριση των ειδών

Λέξεις Κλειδιά: Βιοποικιλότητα, Γενετικοί Δείκτες, Γενετική ποικιλότητα, Γενετικό αποτύπωμα, μιτοχονδριακό DNA, μικροδορυφορικό DNA, Απλοί νουκλεοτιδικοί πολυμορφισμοί, γενοτύπηση, Ενδοειδική ποικιλότητα, ΔιαΕιδική ποικιλότητα, ομομιξία, φαινόμενο στενωπού, δραστικό πληθυσμιακό μέγεθος, γενετική ταυτοποίηση, barcoding

Μη μεντελική κληρονομικότητα
  1. Εξωπυρηνική κληρονομικότητα
  2. Επιγενετική κληρονομικότητα
  3. Μολυσματική κληρονομικότητα
  4. Μητρικό αποτέλεσμα

Λέξεις Κλειδιά: Εξωπυρηνική κληρονομικότητα – μιτοχόνδρια / χλωροπλάστες, Μιτοχονδριακός γενετικός κώδικας, Θεωρία της ενδοσυμβίωσης, Μητρική κληρονόμηση, Μιτοχονδριακές ασθένειες, Επιγενετικές αλλαγές, αντιστάθμιση γονιδιακής δόσης

Μεταθετά στοιχεία
  1. Εισαγωγικά
  2. Μεταθετά στοιχεία στους προκαρυώτες
  3. Μεταθετά στοιχεία στους ευκαρυώτες
  4. Βιολογική σημασία των μεταθετών στοιχείων

Λέξεις Κλειδιά: Μεταθετά στοιχεία, Βακτηριακές ακολουθίες παρεμβολής, Μεταθετόνια, Πλασμίδια πολλαπλής ανθεκτικότητας, Μεταθετάση, Ρετρομεταθετόνια, Ρ-μεταθετά στοιχεία, LINES, SINES

Εργαστήρια

Εργαστήρια στα ειδικά θέματα γενετικής

Ανοικτό Ακαδ. Μάθημα

Ανοικτά Ακαδημαϊκά Μαθήματα
Επίπεδο: A+

Αρ. Επισκέψεων :  15929
Αρ. Προβολών :  68418

Μεταδεδομένα μαθήματος